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BioChain cfPure®無細(xì)胞核酸提取

 更新時(shí)間:2020-10-09 點(diǎn)擊量:978

 

BioChain成立于1994年,總部位于舊金山灣區(qū)。

BioChain是高質(zhì)量的生物樣品處理產(chǎn)品和分析服務(wù)的,用于推進(jìn)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué),伴隨診斷和臨床產(chǎn)品研發(fā)。BioChain的產(chǎn)品可用于DNA和RNA測(cè)序,PCR和RT-PCR,基因表達(dá)分析,DNA和RNA純化,蛋白質(zhì)提取和純化以及蛋白質(zhì)表達(dá)分析。從臨床樣品收集,樣品制備,測(cè)序到生物信息學(xué)分析,BioChain的新一代測(cè)序一站式服務(wù)將*改變整個(gè)行業(yè)。

除了我們生物標(biāo)本和樣品制備業(yè)務(wù)外,BioChain還涉足臨床應(yīng)用,提供癌癥和生殖健康方面的臨床基因組學(xué)診斷產(chǎn)品和臨床試驗(yàn)服務(wù)。BioChain致力于通過我們的持續(xù)過程改進(jìn)計(jì)劃以具競(jìng)爭(zhēng)力的價(jià)格獲得高質(zhì)量的產(chǎn)品和服務(wù)。BioChain建立了全面的質(zhì)量保證計(jì)劃,以滿足客戶的滿意,并為我們的內(nèi)部生產(chǎn)設(shè)施維持ISO9001:2015和ISO 13485:2016認(rèn)證。

BioChain cfPure®無細(xì)胞核酸提取

cfPure®無細(xì)胞核酸提取的功能

cfPure®無細(xì)胞DNA提取試劑盒 是基于磁珠的DNA提取試劑盒,旨在從人血漿和血清中分離循環(huán)的無細(xì)胞DNA(cfDNA)。該套件具有快速,簡(jiǎn)單和自動(dòng)化友好的協(xié)議,使用戶能夠快速提取高質(zhì)量的cfDNA,該DNA可用于下游應(yīng)用,包括實(shí)時(shí)PCR,數(shù)字PCR和下一代測(cè)序。

cfPure®無細(xì)胞核酸提取

 

高cfDNA的質(zhì)量,純度和產(chǎn)量

cfPure®無細(xì)胞DNA提取試劑盒是BioChain基于磁珠的新型DNA提取試劑盒,旨在從血漿,血清和尿液中分離循環(huán)的無細(xì)胞DNA(cfDNA)。該試劑盒提供了一種簡(jiǎn)單且自動(dòng)化友好的協(xié)議,使用戶可以從一系列樣品量中快速提取高質(zhì)量的下游cfDNA。

應(yīng)用范圍:

從血漿,血清和尿液中提取高質(zhì)量的無細(xì)胞DNA,用于下一代測(cè)序(NGS),亞硫酸氫鹽測(cè)序,PCR,qPCR,ddPCR和其他苛刻的應(yīng)用。

優(yōu)點(diǎn)和特點(diǎn):

  • 用途廣泛: 從<1mL至> 10mL的血清或血漿中提取–在單管或24至96孔板中
  • 自動(dòng)化友好: 在KingFisher™和液體處理儀器上,提取過程大約需要50分鐘
  • 高效省時(shí): 手動(dòng)提取方案只需不到75分鐘
  • 具有成本效益: 從1毫升血漿中每次提取的*3美元(250毫升試劑盒的標(biāo)價(jià))
  • 洗脫體積:  15 µL至50 µL

cfDNA試劑盒產(chǎn)生可重復(fù)的結(jié)果

 

血漿ID回收的總DNA(ng)
一種7.00
一種7.05
32.45
33.50
C26.80
C27.70
d10.90
d10.90

表1.為了評(píng)估可重復(fù)性,使用cfPure®無細(xì)胞DNA提取試劑盒從4種不同人類供體的1 mL血漿中提取DNA,一式兩份。

相對(duì)于競(jìng)爭(zhēng)的cfDNA的有效回收

提取套件樣品編號(hào)
毫升血漿中回收的cfDNA(ng)

每毫升血漿(ng)115 nt ALU序列cfDNA(通過PCR)
競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手T1個(gè)4.991.97
BioChain的cfPure1個(gè)6.352.53
競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手T26.183.21
BioChain的cfPure28.283.93
競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手T36.933.79
BioChain的cfPure37.503.87

表2.通過cfPure®無細(xì)胞DNA提取試劑盒或競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手的基于磁珠的無細(xì)胞DNA提取試劑盒,從來自三個(gè)不同供體的2 mL血漿中純化了cfDNA。通過熒光方法或qPCR使用與ALU序列DNA互補(bǔ)的引物評(píng)估DNA的回收率。

 

 

1.cfPure®無細(xì)胞DNA試劑盒用于從5 ml健康人血漿中分離DNA?;厥盏?2 ng的cfDNA(150-200 bp片段),并帶有少量gDNA污染。

 

 

圖2.使用各種樣品體積(.2,.5、1、5、10ml)從兩個(gè)人類供體的血漿中提取cfDNA。然后通過Qubit高靈敏度DNA測(cè)定法定量cfDNA產(chǎn)量。相對(duì)于初始樣本量繪制產(chǎn)量,并計(jì)算其趨勢(shì)線的R 2值。

cfDNA由終用戶通過NGS驗(yàn)證

通過cfPure萃取cfDNA ® cfDNA Extraction試劑盒是*的下游應(yīng)用如NGS。在第三方研究cfDNA從10毫升的人血漿用BioChain公司的cfPure提取從4個(gè)供體®(B),競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手T的(T),和競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手Q的(Q,基于列的)cfDNA提取試劑盒。然后為每個(gè)樣品構(gòu)建文庫,并進(jìn)行全基因組測(cè)序。從數(shù)據(jù)分析來看,三種提取方法均未顯示出明顯的性能差異:插入片段大小,作圖率,全基因組覆蓋率,取代率和GC偏倚。

 

 

圖3.相對(duì)于插入物長(zhǎng)度的讀取數(shù)。每條曲線代表來自相同提取方法的4個(gè)樣品的平均值。

 

 

圖4.通過將特定GC含量的讀數(shù)數(shù)除以所有GC箱的平均讀數(shù)數(shù)來計(jì)算GC箱中的覆蓋率或深度的百分比。數(shù)字1表示平均覆蓋率,小于1的數(shù)字表示低于平均覆蓋率,而大于1的數(shù)字表示高于平均覆蓋率。

自動(dòng)化就緒

cfPure®無細(xì)胞DNA提取試劑盒適用于KingFisher™和液體處理儀器。借助KingFisher™Flex和BioChain的cfPure®無細(xì)胞DNA提取試劑盒,可在50分鐘內(nèi)提取多達(dá)96個(gè)1 ml樣品,或在一小時(shí)內(nèi)提取24個(gè)5 ml樣品。

 

 

圖5.使用KingFisher Flex自動(dòng)純化系統(tǒng)和BioChain的cfPure®系統(tǒng)(cfPure KingFisher)或競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手的試劑盒(Competitor T KingFisher)從4 mL EDTA血漿中純化cfDNA。將兩種自動(dòng)提取方法與使用cfPure®(cfPure手動(dòng))進(jìn)行的手動(dòng)提取進(jìn)行了比較。使用與ALU重復(fù)序列互補(bǔ)的引物通過qPCR評(píng)估cfDNA的回收率。

 

 

 

技術(shù)指標(biāo)

樣本類型(常規(guī)):液體樣品(例如血清),dsDNA
高吞吐量兼容性:自動(dòng)化協(xié)議
下游應(yīng)用:下一代測(cè)序,PCR,實(shí)時(shí)PCR
生產(chǎn)線:cfPure®
產(chǎn)品尺寸:1套
運(yùn)輸條件:室內(nèi)溫度

 

套件內(nèi)容

K5011610K5011625K5011625MA
2 x 1.33 mL cfPure無細(xì)胞DNA磁珠5 x 1.33 mL cfPure無細(xì)胞DNA磁珠5 x 1.33 mL cfPure無細(xì)胞DNA磁珠
1 x 115 mL cfPure無細(xì)胞DNA裂解/結(jié)合液3 x 95 mL cfPure無細(xì)胞DNA裂解/結(jié)合液1 x 95 mL cfPure無細(xì)胞DNA裂解/結(jié)合液
2 x 55 mL cfPure無細(xì)胞DNA洗滌液5 x 55 mL cfPure無細(xì)胞DNA洗滌液1 x 65 mL cfPure無細(xì)胞DNA洗滌液
1 x 6 mL cfPure無細(xì)胞DNA洗脫液1 x 15 mL cfPure無細(xì)胞DNA洗脫液1 x 15 mL cfPure無細(xì)胞DNA洗脫液

 

引文

 

血液檢測(cè)與PET-CT成像相結(jié)合的可行性,以篩查癌癥并指導(dǎo)干預(yù)

Lennon AM,Buchanan AH,Kinde I等。

[2020年4月28日在線發(fā)布]。 科學(xué)。doi:10.1126 / science.abb9601

 

 

  用 重復(fù)元素測(cè)序評(píng)估非整倍性。

Douville C,Cohen JD,Ptak J,Popoli M,Schaefer J,Silliman N,Dobbyn L,Schoen RE,Tie J,Gibbs P,Goggins M,Wolfgang CL,Wang TL,Shih IM,Karchin R,Lennon AM,Hruban RH ,Tomasetti C,Bettegowda C,Kinzler KW,Papadopoulos N,VogelsteinB。

美國(guó)國(guó)家自然科學(xué)委員會(huì)。2020 Mar 3; 117(9):4858-4863。doi:10.1073 / pnas.1910041117。Epub 2020 2月19日。PMID:32075918

 

 

游離DNA 在 癌癥: 當(dāng)前 的見解。

Fettke H,Kwan EM,Azad AA。

Cell  Oncol(Dordr)。2019二月; 42(1):13-28。doi:10.1007 / s13402-018-0413-5。EPUB 2018年10月26日。評(píng)論。

PMID:30367445